Do Polski fale reformacji dotarły poprzez Śląsk, z głębi Niemiec oraz z Prus, których władca Albrecht Hohenzollern, za zgodą Zygmunta Starego – króla Polski, przeszedł na luteranizm i sekularyzował państwo Zakonu Krzyżackiego (był jego ostatnim mistrzem). Pewną rolę odegrali również dysydenci religijni szukający w Polsce azylu oraz pośrednio polscy studenci z uniwersytetów zachodnich, szczególnie niemieckich.
Luteranizm zdobył zwolenników w Prusach Królewskich, czyli na Pomorzu Gdańskim, głównie wśród mieszczaństwa niemieckiego pochodzenia. Kalwinizm, paradoksalnie, inaczej niż na Zachodzie, zyskał popularność wśród części szlachty. Jej przedstawicielom podobał się demokratyczny kolegialny Konsystorz, w skład którego wchodziły osoby świeckie. Ośrodkiem kalwinizmu była Małopolska i Litwa (możni protektorzy, np. gałąź kiejdańska domu radziwiłłowskiego).
Polska była też schronieniem dla dysydentów – np. osiadła w Polsce spora grupa braci czeskich ze sławnym Janem Amosem Komenskym (Leszno) – teoretykiem wychowania i pedagogiki.
Korzenie polskiej tolerancji sięgały czasów wcześniejszych – już od setek lat (choćby XIV w.) współistniały w Polsce różne wyznania:
- prawosławie,
- mozaizm – czyli judaizm,
- karaimizm – odłam judaizmu, uznający wyłącznie autorytet Starego Testamentu
- kościół armeński itd.
Ludzie przyzwyczaili się żyć obok wyznawców innych religii. Konflikty religijne byłyby zresztą zabójcze dla wielonarodowego i wieloreligijnego państwa. Pomnikami polskiej tolerancji pozostaną: zgoda sandomierska z 1570 r. (oprócz arian dotyczyła wszystkich wyznań chrześcijańskich) oraz konfederacja warszawska z 1573, będąca ewenementem w skali światowej (dotyczyła pokoju religijnego między wszystkimi wyznaniami chrześcijańskimi).