Papiestwo, zagrożone w niespokojnej Italii przez zwalczające się stronnictwa, zapłaciło wysoką cenę za militarne i polityczne wsparcie udzielane mu przez władców niemieckich z dynastii saskiej i ich następców (od 962 r. począwszy, Otton I): Stolica Piotrowa stała się praktycznie podległa kolejnym królom i rzymskim cesarzom w jednej osobie (koronacja Ottona I na cesarza przez papieża Jana XII i następne…).

  • Niemieccy monarchowie nie tylko narzucili zwierzchnictwo Italii, ale i uzależnili od siebie papiestwo, wspomagając je w dziele kościelnej reformy. Świeccy władcy sterowali Kościołem, decydując o nominacjach biskupich (tzw. inwestytura), a nawet o tym, kto ma być papieżem (apogeum tego procederu to rządy cesarza Henryka III), co upodobniło stosunki w zachodniej Europie do znanego z Bizancjum cezaropapizmu. Jeden z niemieckich monarchów, cesarz-wizjoner Otton III, stworzył nawet przerastającą epokę koncepcją restytucji „Imperio Romani” (Cesarstwa Rzymskiego), w którego skład wchodziłyby równe sobie ludy i państwa: Italia, Galia, Germania i Sclavinia (Słowiańszczyzna). Plany cesarza szukającego oparcia w wykształconych elitach kościelnych oraz za granicą (np. u naszego Chrobrego) nie znalazły uznania w samych Niemczech, w Bizancjum i wśród rzymskich koterii.
  • Reformujący się, choć z oporami, Kościół coraz gorzej znosił zależność od władzy świeckiej. Wykorzystując zamieszanie w Niemczech podczas małoletniości Henryka IV, na synodzie rzymskim w 1059 r. papiestwo przeforsowało nowy tryb wyboru głowy Kościoła, uniemożliwiający formalnie ingerencję niemieckich królów (decydować o tym mieli kardynałowie). Tron papieski objęli zwolennicy emancypacji Kościoła jak i jego głębokiej reformy, jak Aleksander II czy zwłaszcza Grzegorz VII, lider ruchu naprawy.
    • Ten ostatni otwarcie rzucił cesarzowi Henrykowi IV wyzwanie, zabraniając duchownym przyjmować inwestytury z rąk świeckich, panującym zaś, nadającym kościelne godności, grożąc ekskomuniką.
    • Wreszcie w traktacie „Dictetus papae” sformułował doktrynę zwierzchności papieża nad cesarzem (1075 r.).
    • Henryk IV zareagował na to gwałtownie. Na synodzie biskupów niemieckich w Wormacji (1076 r.), w większości mu oddanych, doprowadził do unieważnienia wyboru Grzegorza VII.
    • Ten z kolei odpowiedział rzuceniem klątwy na porywczego króla, który znalazł się teraz w politycznej próżni. Opozycja, niedawno jeszcze pokonana (powstanie saskie), podniosła ponownie głowę, a zjazd książąt w Triburze zażądał od Henryka IV oczyszczenia się w ciągu roku z klątwy i zaprosił papieża do Rzeszy w roli mediatora. Henryk zrozumiał, że jego panowanie stanęło pod znakiem zapytania wyruszył, udając skruszonego, na spotkanie z papieżem. Grzegorz VII, choć niechętnie, pod naciskiem otoczenia zdjął klątwę i rozgrzeszył króla (Canossa 1077 r.).
  • W tym czasie opozycyjni książęta zdetronizowali Henryka IV i ogłosili królem księcia szwabskiego Rudolfa (1077 r.), który obiecał ograniczyć swe uprawnienia. Wybuchła wojna domowa, w której Henryka wsparli mieszczanie, drobne rycerstwo, Czesi i Fryderyk z Hohenstaufen (otrzymał za to Szwabię). Buntownicy zostali zmiażdżeni, a nieszczęsny pretendent (a zarazem szwagier Henryka) Rudolf zginął w walce (1080). Nie pomogła nowa, spóźniona klątwa papieska.
  • Na synodzie w Brixen w 1080 r. Henryk IV przeforsował ponowną detronizację papieża, wynosząc na tron swojego kandydata, biskupa Rawenny Wiberta, jako Klemensa II.
  • W 1084 r. Henryk IV wyprawił się do Rzymu, zdobył go, koronował się na cesarza i upokorzył Grzegorza VII, zamkniętego w zamku św. Anioła. Z pomocą papieżowi przyszli włoscy Normanowie, pustosząc przy okazji Rzym. Grzegorz VII, w obawie przed gniewem rzymian, uszedł z Wiecznego Miasta do Salerno, gdzie zmarł. Triumf cesarstwa nie okazał się zbyt trwały. Nadwątlony autorytet papiestwa odbudował w dużej mierze Urban II, a wkrótce spór o inwestyturę rozgorzał od nowa.
  • Henryk V wymusił na Paschalisie II układ, na mocy którego władca rezygnował ze świeckiej inwestytury w zamian za rezygnację duchownych z otrzymanych od monarchy (posiadłości lennych). Rozmiłowanym w luksusie dostojnikom kościelnym wybitnie się to nie podobało, a samego papieża cesarz przymusił do zgody kilkutygodniowym aresztem (1111 r.).
  • Do rzeczywistego kompromisu doszło w 1122 r., gdy Henryk V podpisał zgodę z kolejnym papieżem Kalikstem II, zwaną popularnie konkordatem wormackim. Inwestytura znajdować się miała w gestii papieża, zaś cesarz zarezerwował dla siebie nadawanie benificjów. Biskupa miały teraz wybierać kapituły katedralne złożone z kanoników, a zatwierdzać – papież.
  • Następnych kilkanaście lat cechowała zgodna raczej współpraca dwóch autorytetów: papieża i świeckiego niemieckiego władcy. Innocenty II w rywalizacji z Anakletem II uzyskał poparcie cesarzy: Lotara i Konrada III. W samej jednak Rzeszy sytuacja coraz bardziej się komplikowała w związku z nasilającymi się sporami o następstwo tronu po wygaśnięciu na Henryku V (1125 r.) dynastii salickiej. Głównymi pretendentami do korony były rody Hohenstanfów oraz Welfów. Z osobą Konrada III rozpoczął się okres dominacji tych pierwszych, ugruntowany panowaniem wielkiej indywidualności – Fryderyka I Barbarossy. Początkowo i on współpracował z papiestwem, przyczyniając się do stłumienia rebelii Arnolda z Bresci w Rzymie. Wkrótce doszło jednak do odnowienia starego sporu o hegemonię w świecie chrześcijańskim między cesarzem Fryderykiem a równie ambitnym papieżem, Aleksandrem III. Jednocześnie Barbarossa znalazł się w konflikcie z wolnymi miastami włoskimi, którym chciał narzucić swoją zwierzchność. Początkowo odnosił sukcesy, niszcząc Mediolan w 1162 r. i wypędzając z Rzymu Aleksandra III w 1167 r. Później karta się odwróciła: najpierw zaraza przerzedziła cesarskie szeregi, a potem zawiązała się koalicja miast włoskich przeciwko Fryderykowi I, zwana Ligą Lombardzką (1167). Cesarz ledwo przedarł się do Niemiec, a gdy powrócił z nową armią – został rozgromiony w bitwie pod Legnano w 1176 r. Fryderyk zawarł z papieżem pokój w Wenecji w 1177 r. uznając jego suwerenność w powszechnym Kościele, rezygnując z interwencji przy wyborze następcy św. Piotra, całując wreszcie publicznie stopy Aleksandra III. Po kilku latach pogodził się też z włoskimi miastami.
  • Porażka nie odbiła się na wewnątrzniemieckiej pozycji Fryderyka I, który rozprawił się z wiarołomnym lennikiem saskim Henrykiem Lwem (1180) oraz – dzięki małżeństwu swego syna Henryka z córką normańsko-sycylijskiego króla Wilhelma II – zapewnił mu sukcesję na tym obszarze. Henryk VI zawładnął więc nie tylko tronem niemieckim po śmierci ojca ale i sycylijskim, po zgonie teścia (1189-1190). Jego ambitne plany zdominowania całej niemal Europie (np. zmuszenie do hołdu uwięzionego angielskiego Ryszarda Lwie Serce) przerwała śmierć w 1197 r. W Niemczech rozgorzała wojna między zwolennikami Staufów (Filipa, brata Henryka VI) i Welfów (Ottona IV). Na konflikcie skorzystało papiestwo za pontyfikatu Innocentego III, zwolennika wyższości papieża nad cesarzem i wszelką władzą świecką. W Europie, podzielonej feudalnymi sporami, jak i w Niemczech występował on w wygodnej roli arbitra. W wypadku nielojalności potrafił być bezwzględny, o czym przekonał się Otton IV, początkowo posłuszny papieżowi niechętnemu Staufom. Gdy tylko podjął niezależną politykę, Innocenty III rzucił na dawnego pupila klątwę i doprowadził do elekcji syna Henryka VI, Fryderyka II Hohenstaufa (wówczas sycylijskiego), upokarzając Ottona IV (1211).
  • Fryderyk II prowadził mocarstwową politykę podobnie jak dziad i ojciec, co zaniepokoiło następcę Innocentego III, równie ambitnego Grzegorza IX, który rozpoczął walkę z cesarzem i potrójnym królem (niemieckim, sycylijskim, a od 1228 też i jerozolimskim), rzucając na Hohenstaufa w 1227 r. klątwę. Papież mobilizował przeciwko rywalowi cesarskiemu opozycję wewnątrz Niemiec oraz Italii. Fryderyk rozgromił co prawda w 1237 r. pod Cortenuova miasta lombardzkie, ale to wydarzenie nie miało rangi przełomu. Nawet śmierć Grzegorza IX nie zmieniła sytuacji, ponieważ nowy papież Innocenty IV, dawniej przyjaciel cesarza, teraz prowadził z nimi bezwzględną walkę (od 1243 r.). Wojna domowa w Niemczech oraz północnej i środkowej Italii rozgorzała na dobre. Zwolenników Staufów podczas konfliktu zwano gibelinami, zaś ich przeciwników gwelfami. Fryderyk II walczył aż do śmierci w 1250 r. Wojnę z przeciwnikami i wysuwanymi przez nich pretendentami (Henrykiem Raspe i Wilhelmem holenderskim) prowadził dalej syn zmarłego, Konrad IV. Jego nagła śmierć w 1254 r. osłabiła stronnictwa staufowskie, na którego czele stanął Manfred (syn Fryderyka II), a po jego śmierci w bitwie z Karolem Andegaweńskim w 1266 pod Benwentem, syn Konrada IV, Konradyn. Karol – sojusznik papiestwa (teraz Urbana IV) uzyskał z rąk głowy Kościoła królestwo sycylijskie, które objął po zamordowaniu Konradyna w 1268 r. Andegoweńczyk wkrótce uniezależnił się od dostojnego sojusznika, a królowie francuscy (konkretnie Filip IV Piękny) pogrzebali w ciągu 40 lat marzenia papieża o „dominium mundi”, upokarzając w 1302 r. Bonifacego VIII (tzw. zamach z Agnani).
  • W samych Niemczech w 1254 r. rozpoczęło się tzw. Wielkie Bezkrólewie, okres niesamowitego zamętu, trwający do 1273 r., gdy królem elektorzy wybrali Rudolfa z Habsburga, który po kilku latach pokonał swego głównego oponenta, czeskiego Przemysława Ottokara II (1278 pod Dürnkurt).