Czas niewoli stał się dla narodu z wielu względów okresem przełomu i próby. Był to także okres przełomu i próby dla Kościoła, który był instytucją integralnie związaną ze społeczeństwem. W nowej sytuacji, gdy państwa polskiego nie było na mapie, rola polityczna i społeczna Kościoła uległa wzmocnieniu. Pozostał on jedyną polską formą instytucjonalną akceptowaną i tolerowaną przez zaborców, którzy musieli się z nim liczyć.

Postawa duchowieństwa wobec niepodległościowych dążeń narodu była niejednoznaczna. Złożyło się na to wiele przyczyn.

  • Biskupi, których odpowiedzialność z pewnością musiała być większa, zajmowali w większości postawę wstrzemięźliwą, choć nie brakowało wśród nich zarówno oddanych narodowej sprawie (np. Skórkowski z diecezji krakowskiej lub Skarszewski z Lublina podczas powstania listopadowego), jak i zdrajców, ostatecznie nawet i Kościoła. Postawa niektórych radykalizowała się pod wpływem wypadków oraz opinii publicznej. Arcybiskup Zygmunt Szczęśny Feliński próbował przed powstaniem (gorący rok 1862) wpłynąć na nastroje społeczne, dyscyplinując zarówno kler, jak i wiernych, ale w zakulisowych rozmowach z władzami domagał się konkretnych ustępstw na rzecz narodu, za co też został w czerwcu 1863 roku zesłany na 20 lat.
  • Po klęsce powstania listopadowego zlikwidowano ponad 65% domów zakonnych, a na kresach zakazano działalności Kościołowi unickiemu.
  • Jeszcze bardziej dotkliwe represje spadły na Kościół po powstaniu styczniowym. W Królestwie z około 200 klasztorów pozostało jedynie 35, skazanych na powolne wymarcie (zamknięcie nowicjatów). Na kresach zostało tylko 9 placówek zakonnych. Władze zmusiły też unitów Królestwa do przejś­cia na prawosławie. Opór ludności stłumiono niezwykle krwawo w 1875 roku (wsie Drelów i Pratulin).

W zaborze pruskim, gdzie podziały religijne nakładały się najczęściej na różnice narodowe (Polacy – katolicy, Niemcy – protestanci) Kościół w okresie kulturkampfu stał się, niejako wbrew własnej woli, symbolem polskości. Społeczeństwo stanęło po stronie szykanowanego Kościoła. Nawet ultralojalny początkowo arcybiskup Ledóchowski został zmuszony do sprzeciwu wobec samowoli władz (lata 70. XIX w.), za co go aresztowano.

  • Częstokroć Kościół poprzez swych energicznych i patriotycznych przedstawicieli pełnił rolę budziciela oraz ostoi świadomości narodowej, szczególnie w środowiskach wiejskich i emigracyjnych.
  • Wielu światłych duchownych organizowało fundamenty pracy organicznej, współtworząc banki, kasy oszczędności, towarzystwa rolnicze, instytucje kulturalne. Najwięcej instytucji tego typu pojawiło się w zaborze pruskim (działalność Szamarzewskiego, Wawrzyniaka, Śmigielskiego).

Postawa papiestwa wobec kwestii polskiej w okresie zaborów była ona skomplikowana i niejednoznaczna i do dzisiaj budzi wiele rozgoryczenia wśród Polaków.

  • Państwo Kościelne, będące do 1870 roku realnym uczestnikiem gry politycznej, musiało liczyć się z realiami międzynarodowymi, a do nich zaliczały się imperia zaborców oraz nieistnienie Polski.
  • Rewolucyjne wybuchy, powstania i zrywy narodowowyzwoleńcze wstrząsające Europą zagrażały papiestwu, które podejrzliwym okiem patrzyło na polskie dążenia niepodległościowe, upatrując w nich liberalne, masońskie i socjalistyczne wpływy. Dobitnym przykładem tej podejrzliwości stała się wyjątkowo niesprawiedliwa encyklika Grzegorza XVI potępiająca powstanie listopadowe. Dała ona satysfakcję rządom zaborczym, ale wywarła negatywne wrażenie na Polakach. Sam papież przyznał później półoficjalnie, że był „źle ­informowany”.
  • Stosunek Piusa IX wobec powstania styczniowego cechował się większą życzliwością, ale ze względów geopolitycznych nie wykraczał poza pewne niezobowiązujące gesty.

Podsumowanie

Do błędów Kościoła polskiego okresu zaborów zaliczyć należy niedostrzeganie kwestii robotniczej. Dopiero pod wpływem rewolucji 1905-1907 roku nastąpiło większe otwarcie na kwestie robotnicze. Także stosunek, w rzeczywistości wrogi, do tworzącego się w Galicji ruchu ludowego stanowił poważną pomyłkę, bo zniechęcał masy katolickich chłopów do udziału w walkach wyzwoleńczych. Działalność księdza Stojałowskiego, organizatora politycznej aktywnoś­ci chłopów, była przez hierarchię koś­cielną bojkotowana.

Warto zauważyć, że w walkę o niepodległość angażowali się też protestanci, ewangeliści (Śląsk i Cieszyn), Żydzi i prawosławni, jak również polscy muzułmanie (potomkowie Tatarów).

Czynny udział w walce z zaborcą wzięli:

  • ks. Maksymilian Korejwo,
  • Stanisław Mackiewicz na Litwie,
  • Stanisław Brzóska – dowódca ostatniego oddziału powstańczego w 1864 roku (Podlasie).
  • Animatorem konspiracji w latach 40. XIX w. był ks. Piotr Ściegienny.