System komunistyczny z założenia doktrynalnie obojętny, a nawet w wielu momentach jawnie wrogi religii usiłował podporządkować sobie istniejące związki wyznaniowe i Kościoły, o ile nie był w stanie ich zniszczyć. Wbrew szumnym deklaracjom o poszanowaniu wolności sumienia stosunki władz państwowych uległy systematycznemu pogorszeniu.

  • TRJN (Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej) zdominowany przez komunistów zerwał 12.09.1945 r. konkordat z 1925, dosyć sprytnie posługując się argumentami jego naruszenia przez pewne nominacje biskupa Piusa XII, który osadził w pewnych polskich diecezjach Niemców (Pelplin, Gniezno, Katowice).
  • Jawny konflikt nastąpił po umocnieniu się struktur ludowej władzy w 1947. Chwilowym „zawieszeniem broni” okazało się porozumienie między episkopatem Kościoła rzymskokatolickiego i rządem z 14.04.1950 r. Nie na wiele zdała się ta swoista deklaracja lojalności. W lutym 1953 władze wydały dekret o obsadzie stanowisk kościelnych, czym naruszyły brutalnie autonomię drugiej strony. Prymas Stefan Wyszyński za swój sprzeciw został internowany na 3 lata (wrzesień 1953 – październik 1956). Po przemianach październikowych w 1956 r. ów sławny dekret zmodyfikowano w sposób bardziej strawny dla Kościoła.
  • Na mocy konstytucji z 1952 r. istniał oficjalny rozdział Kościoła od państwa, rozumiany przez władze jako wstęp o intensywnej ateizacji czy laicyzacji. Krótkie odprężenie skończyło się w 1960 r., gdy doszło do zamieszek na tle budowy świątyni w Nowej Hucie, na co komuniści nie chcieli wyrazi zgody . Kulminacją konfliktu w okresie rządów Gomułki były lata 1965-66, gdy doszło do kontrowersji wokół listu biskupów polskich do niemieckich oraz w kwestii obchodów 1000-lecia państwa polskiego.
  • Poprawę przyniosły lata 70-te. Gierek starał się o poprawne relacje z Kościołem a z drugiej strony służyły temu decyzje papieża Pawła VI z 1972 r., który poprzez utworzenie 4 nowych diecezji i mianowanie biskupów ordynariuszy w istniejących już prowincjach kościelnych na „ziemiach odzyskanych” skończył z tymczasowością trwającą od 1946 r. na tych obszarach. Oznaczało to również, że Watykan uznaje nowe realia graniczne. Pozycję Kościoła wzmocnił wybór Karola Wojtyły na papieża w 1978 r.
    Od tej pory episkopat pełnił rolę potrzebnego mediatora w konfliktach między władzą a społeczeństwem (lata 80.). Nie wykluczało to wcale zdarzających się spięć i konfliktów. Władze PRL irytowało angażowanie się niektórych księży po stronie solidarnościowej opozycji. Już u schyłku komunistycznego rządów doszło do cywilizowanych regulacji między państwem a Kościołem, który wraz z innymi związkami religijnymi uzyskał gwarancję niezależności i podmiotowość prawną (ustawa z 17.05.1989).
  • Wraz z załamaniem się rządów PZPR wzrosła pozycja Kościoła rzymskokatolickiego, który na tle szybkich przemian i słabości tworzących się nowych ugrupowań politycznych, jawił się jako strażnik podstawowych wartości a zarazem wymierna siła. U części dostojników kościelnych zrodziło to nie do końca uzasadniony triumfalizm i poczucie pewności siebie, wręcz przypisywania sobie głównej roli w obaleniu starego systemu. Pojawiły się pewne roszczenia wobec państwa, nie zawsze uzasadnione, najczęściej spełniane przez solidarnościowe ekipy. W 28.07.1993 r. doszło do podpisania konkordatu.

W Polsce istnieje również, w okresie PRL prześladowany bądź tolerowany (od 1956 r.) Kościół grekokatolicki. Inne znaczące wyznania chrześcijańskie zgrupowane są w Polskiej Radzie Ekumenicznej (m.in. Kościół ewangelicko-augsburski, ewangelicko-reformowany i Autokefaliczny Kościół Prawosławny). Warto wspomnieć też, że w Polsce wśród różnych grup wyznaniowych nie brakuje muzułmanów (Polski Związek Muzułmański), Świadków Jehowy (dosyć prężni) i zwolenników religii mojżeszowej, nie mówiąc o mniejszych formacjach, niekiedy nawet bardzo egzotycznych (np. ruch Hare Kriszna).